La historia habla sobre Shinichi Kudo(Bobby Jackson), un joven detective de 17 años que tiene asombrada a la policía ya que resuelve los casos que se le presentan con suma brillantez y siempre esclareciendo los hechos correctamente.                                                                                

Un día, Shinichi lleva a Ran Mouri(Claudia Guzman), de la cual está enamorado, a un parque de atracciones. Tras un fatal incidente que involucra una pareja y un asesinato en la montaña rusa (esclarecido posteriormente), Shinichi presencia una transacción sospechosa; en eso, dos hombres de negro lo ven, lo golpean y le hacen beber una nueva droga que, supuestamente, lo mataría. Pero sólo le hace encoger su cuerpo hasta la edad aproximada de siete años.

Desorientado, decide ir a buscar ayuda a casa de su vecino, el profesor Agasa(Profesor Calvillo). Al principio desconfía de él, pero luego de demostrarle que sus dotes deductivos continúan intactos, Agasa le cree. El profesor le aconseja que no diga nada pues quizás lo encuentren y hagan daño a sus seres queridos. Ran aparece en ese momento para ver si está ahí Shinichi, en ese momento Shinichi se camufla poniéndose unas gafas y durante el apuro de la situación inventa el nombre de Conan Edogawa(Conan Blasy) (Sacado "Conan" Arthur Conan Doyle y "Edogawa", de Rampo Edogawa) y que es un pariente lejano del profesor Agasa cuyos padres están en el extranjero.

Conan, persuadido por los consejos del profesor decide irse a vivir a casa de Ran, pues quizás el trabajo de su padre, el detective Kogoro Mouri(Carlos Guzman), lo acerque a los criminales que le hicieron tomar esa droga y, por lo tanto, a una hipotética cura.

Bajo su nueva identidad, Shinichi empieza a ir a la escuela elemental y junto con sus nuevos amigos Ayumi, Genta y Mitsuhiko forman la liga juvenil de detectives a la que se les unirá Ai Haibara posteriormente.